Genet Res:骨髓炎患者静脉血栓形成的分子基础和机制
时间：2022-11-30 21:00:07 热度：37.1℃ 作者：网络
静脉血栓栓塞症(VTE)包括深静脉血栓形成(DVT)和肺栓塞(PE)，是感染性疾病常见而严重的并发症。对于有肌肉骨骼感染的患者，尤其是年轻患者的骨髓炎(OM)，是一种并发症。近年来，在急性血源性骨髓炎(Aho)病例中，DVT的患病率被报道为6-10%。在台湾，与对照队列相比，慢性OM患者发生DVT的风险是2.49倍。
新的证据表明，OM是静脉血栓栓塞症(VTE)发生率增加的危险因素。然而，其作用机制尚未得到深入研究。
方法：从基因表达总表数据库下载OM相关数据集GSE30119和VTE相关数据集GSE19151和GSE48000，并对其进行分析以鉴定差异表达基因(分别为OMGs1和VTEGs1)。对基因本体论(GO)术语进行功能丰富分析。检测到VTEGs2和OMGs2在OMGs1和OMGs1之间共享共同的GO生物学过程(GO-BP)本体，利用TRRUST数据库鉴定调控VTEGs2和OMGs2的上游转录因子(TF)。利用相互作用基因检索(字符串)数据库的搜索工具构建VTEGs2和OMGs2之间的蛋白质相互作用网络，并在Cytoscapp中可视化。利用NetworkAnalyzer计算网络的拓扑结构，利用分子络合物检测插件进行模块分析，选择中心模块。
结果：从相关数据集中分别鉴定出587个OMGs1和382个VTEGs1。OMGs1和共享DGEs1的Go-BP术语主要集中在中性粒细胞相关的免疫反应过程中，OMGs1和VTEGs1的Go-BP术语似乎集中在细胞对应激或生物刺激的激活、免疫、防御和炎症反应。检测到230个VTEGs2、333个OMGs2和13个共享DEGs2。共鉴定出3对Tf-靶基因(SP1-LSP1、SPI1-FCGR1a和STAT1-FCGR1a)，PPI网络包含1611个相互作用的节点，前10个中枢蛋白分别是TP53、IL4、MPo、Elane、Fos、CD86、Hp、SOCS3、ICAM1和SNRPg。几个核心节点(如MPO、Elane和cAMP)是中性粒细胞胞外陷阱(Net)网络的重要组成部分。
图1：本研究的流程图
图2：OMGs1和VTEGs1的维恩图。心形虚线表示共享的DGE 1
图3：（a）OMGs1、（b）VTEGs1和（c）共享DGE1和（d）共享VTEGs1与OMG的GO-BP术语富集分析结果
图4： DEGs2随附所有共享GO-BP条款。（a） OMGs2和VTEGs2的Venn图。（b）共享DGE2的PPI网络。（c）共享DGS2的折叠变化
图5:DEGs2 PPI网络分析。（a）OMGs2和VTEGs2 PPI网络。（b）DEGs2的PPI网络模块1。节点大小对应于节点的程度，而节点颜色表示中间性中心性。
结论：这是是第一个通过集成生物信息学方法探索OM和VTE之间共享签名的数据挖掘研究，它可以帮助发现OM相关VTE的潜在生物标记物和治疗靶点。
文献来源：Chen P, Liu Y, Lin X,The Underlying Molecular Basis and Mechanisms of Venous Thrombosis in Patients with Osteomyelitis: A Data-Driven Analysis.Genet Res (Camb) 2022;2022
