目前观点认为多囊卵巢综合征是个终身都会携带的疾病，需要对患者终身进行定期监测。许多学者对PCOS的自然病程进行了随访研究。报道指出，接近更年期的PCOS女性经常会有恢复规律性的月经的情况，体内的雄激素水平也随之下降。究其原因多半是因为卵巢老化，抑制素水平降低，卵泡刺激素(FSH)水平逐渐升高，月经周期改善。
 
PCOS患者是由于雄激素过高和孕激素缺乏导致月经失调，根据患者的情况对抗制雄激素过高或补充孕激素治疗是适当的，否则大量的出血会导致贫血，长期的雌激素刺激会使子宫内膜发生增生性病变等严重后果。长期服用口服避孕药和降糖类药物也有一定副作用，这要求在用药前要对患者交代清楚药物的副作用，如对胃肠道的刺激，对肝功的影响等，需要对患者定期监测。还有很多患者担心服用激素后会增加体重，这是一种错误的理解。
 
多囊卵巢综合征治疗的治疗是一个长期的治疗,一般先治疗3～6个周期，停药观察，有一些患者停药后可恢复一段时间的月经，如果患者能够测量基础体温，从双相体温可以判断恢复排卵，如果基础体温仍呈单相，则需继续治疗。并根据治疗的状况以及不同年龄的要求调整用药。
 
多囊卵巢综合征患者可以怀孕，但由于排卵功能障碍使PCOS患者不易受孕。不孕的患者通过促排卵治疗可提高受孕的几率。