小儿支原体肺炎的治疗与一般肺炎的治疗原则基本相同，主要是采取综合的治疗措施。包括一般治疗、对症治疗、抗生素的应用、肾上腺皮质激素、肺外并发症的治疗等5个方面的措施。对于抗感染治疗，鉴于支原体细胞内寄生的生物学特性，疗程一般主张不少于2～3周，通常是3～6周，也有疗程更长的，过早停药容易引起复发。轻者分次数口服治疗即可，重症患者可考虑给予静脉给药，临床医生一般的原则是，临床治愈后再口服抗生素巩固治疗2周。
 
复诊如果发现体温正常，呼吸没有困难;听诊时肺里面没有太多湿罗音，并且没有喘息声，可以认为是疾病基本治好了。但是，患儿的呼吸系统中可能会有一定的支原体病原体遗留，这部分遗留会刺激呼吸道导致咳嗽;另外，呼吸道黏膜在修复过程中，腺体分泌会比正常情况下多一点，加上遗留支原体的刺激作用，孩子嗓子里还是会有痰排出。
 
只要咳嗽、排痰不影响孩子的正常生活，体温、炎症指标正常，就可以停止治疗，等待症状逐渐康复就可以了。
 
 
IgM抗体滴度是确诊支原体肺炎的重要指标，但不用于评判疾病是否治愈。徐灵敏大夫解释，抗体就像是人体免疫系统产生的针对某一类病原体的军队，如果病原体侵袭到机体里面，机体就会产生相应的抗体，用于对抗病原体，就像召集守城的士兵一样;病原体消除，士兵就会逐渐解散，数量慢慢减少。IgM抗体滴度的高低，跟疾病的严重程度有一定相关性，但不完全同步，临床上评估支原体肺炎是否治愈，并不依据这个指标。大多数情况下，IgM的抗体滴度于病原体完全清除两周以后才会正常。因此该指标过高时不必过于纠结，但可以作为观察评估支原体停止复制的依据。
 
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